ریکا ایسوروگی (چیهیرو یاماموتو)، رهبر قبیله روباه، در حال تحقیق درباره «نیلوفر سفید» است؛ فرقه‌ای مرموز که مشکوک به برنامه‌ریزی برای شورش علیه شوگون‌سالاری است. او در طول مأموریت خود با اوکیو (کانون میاهارا)، نینجایی از قبیله فوما که توسط شوگون فرستاده شده، روبرو می‌شود. مسیر زندگی آن‌ها با مواجهه با یک دشمن مشترک سهمگین یکی می‌شود: قبیله نینجاهای ایگا به رهبری هاتوری هانزو (کین کوسوگی) که کینه‌ای عمیق از خاندان توکوگاوا به دل دارد. اکنون یک نبرد سه جانبه میان قبیله روباه، نینجاهای فوما و نینجاهای ایگا در آستانه آغاز است.

در ژاپن فئودالی، نینجاهای مرموز قبیله فوما با سامورایی‌های قدرتمند یاگیو وارد نبردی خونین می‌شوند. وقتی زنان برای حرم شوگون ربوده می‌شوند، دشمنی قدیمی میان این دو گروه دوباره شعله‌ور شده و جنگی پر از خیانت، قدرت و انتقام آغاز می‌شود و ...